AMENAZAS
Siendo ecosistemas muy frágiles, los humedales están sujetos a innumerables amenazas provocadas principalmente por el hombre.
Estas amenazas abarcan desde la ausencia de un marco institucional que regule las normativas de malas prácticas hasta actividades económicas mal planificadas o incluso negligentes.
Actualmente los humedales no reciben la atención necesaria por parte de la sociedad chilena y los servicios ecosistémicos que entregan no son valorados. En ese contexto, los intereses económicos presentes en los territorios terminan por degradar la calidad del humedal y de sus funciones. Hasta la fecha, la institucionalidad pública no garantiza las condiciones idóneas para la conservación de estos ecosistemas ya que no existen figuras legales adecuadas para la protección de los ecosistemas costeros y continentales.En Chile no existe una regulación institucional y figura de protección real de ordenamiento territorial que gestione una eficiente fiscalización y control de las actividades humanas en el borde costero y en los humedales continentales, lo cual atenta contra la sustentabilidad de los humedales de Chiloé.
La degradación de los humedales es el resultado de una responsabilidad compartida entre los usuarios o comunidades y las instituciones o empresas responsables de su uso.Entre las principales causas de su degradación están el desarrollo urbanístico, e industrial y la mega industria acuícola tanto la salmonicultura como la mitilicultura.Entendiendo que los humedales son ecosistemas muy frágiles que reciben muchas presiones antrópicas como el constante relleno, drenajes y contaminación de sus causes por el desarrollo inmobiliario sin regulación; pasando a ser espacios susceptibles para convertirse en basurales informales y con la constante contaminación de sus aguas.