Siendo ecosistemas muy frágiles, los humedales están sujetos a innumerables amenazas, provocadas principalmente por la actividad humana.

Estas amenazas van desde la ausencia de un marco institucional y normativo que regule el uso de estos espacios y sancione las malas prácticas, hasta el desarrollo de actividades económicas mal planificadas, o incluso negligentes.

En Chile, la degradación de los humedales es el resultado de una responsabilidad compartida entre los usuarios y las instituciones encargadas de su gestión. Al no recibir la atención necesaria por parte de la sociedad, sus servicios ecosistémicos no son valorados. En ese contexto, los intereses económicos presentes en los territorios terminan por degradar la calidad de los humedales, reduciendo la capacidad de cumplir con sus funciones. A la fecha, la institucionalidad pública no garantiza las condiciones idóneas para la conservación de estos ecosistemas, ya que existen escasas figuras legales adecuadas para la protección de estos ecosistemas.

En Chiloé, los humedales reciben muchas presiones antrópicas. Una de las principales causas de su degradación es el desarrollo de la mega industria acuícola, tanto salmonicultora como mitilicultora (producción de choritos). Estos ecosistemas están expuestos al constante relleno, drenaje y contaminación de sus cauces por el desarrollo inmobiliario e industrial sin regulación, llegando a convertirse muchas veces en basurales informales.